Portugis juga menghadapi perlawanan dari rakyat Maluku yang merasa terancam oleh campur tangan asing dalam urusan lokal. Perlawanan rakyat Maluku, terutama di bawah Sultan Baabullah dari Ternate, akhirnya membuat kekuasaan Portugis di wilayah itu melemah. Pada akhir abad ke-16, pengaruh Portugis di Maluku semakin berkurang seiring dengan datangnya kekuatan Eropa baru, yaitu Belanda.

Kedatangan Spanyol dan Persaingannya dengan Portugis

Pada saat yang sama, bangsa Spanyol juga berusaha mencari jalur ke Asia melalui barat. Pada tahun 1521, ekspedisi yang dipimpin oleh Ferdinand Magellan tiba di Filipina, dan Spanyol mulai menancapkan pengaruhnya di wilayah tersebut. Meskipun tujuan utama Spanyol adalah Filipina, mereka juga mencoba memperluas pengaruh ke Maluku. Hal ini memicu konflik langsung dengan Portugis yang sudah lebih dulu hadir di Maluku.

Untuk menghindari konflik yang lebih besar, Portugis dan Spanyol akhirnya mencapai kesepakatan melalui Perjanjian Zaragoza pada tahun 1529. Dalam perjanjian tersebut, Spanyol sepakat untuk meninggalkan Maluku dan memusatkan kekuasaannya di Filipina, sementara Portugis tetap menguasai perdagangan di Maluku. Namun, konflik dan ketegangan antara keduanya tetap berlanjut, terutama dalam upaya memperluas pengaruh agama dan perdagangan di wilayah Asia Tenggara.

Kedatangan Belanda dan Awal Kolonialisme VOC di Nusantara

Pada akhir abad ke-16, Belanda mulai memasuki jalur perdagangan di Nusantara. Belanda mengirim beberapa ekspedisi untuk mencari rempah-rempah secara langsung, dan pada tahun 1602, mereka mendirikan Vereenigde Oostindische Compagnie (VOC), yaitu perusahaan dagang yang diberi hak istimewa oleh pemerintah Belanda untuk melakukan perdagangan, membentuk militer, dan mendirikan pemerintahan di wilayah jajahan.